FFPEサンプルから高収量・高品質なDNA/RNAを抽出

FFPE(Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded:ホルマリン固定パラフィン包埋)組織からの高品質なDNA/RNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNA/RNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNA/RNAの抽出は困難ですが、FormaPure Totalは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAとRNAの両方を、同一サンプルから抽出・精製することが可能です。

FormaPure Totalはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層/水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

* DNAのみ抽出用のForma Pure DNA、RNAのみ抽出用のFormaPure RNAも用意しております。

Agencourt FormaPure Total

特長

  • 10 μm FFPE切片3枚までのDNAとRNA抽出に対応
  • 同一サンプルからDNAとRNAの両方の抽出が可能
  • 次世代シーケンスに使用可能なDNA/RNA収量・品質
  • キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

さまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからDNA/RNA抽出

FormaPure Totalはさまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからでも高収率でDNAとRNAを抽出精製できます。各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定しました(Table 1)。

Table 1. さまざまな保存年数およびがん組織由来のFFPEサンプル各10 μm 切片1枚あたりの核酸収量(ng)
核酸定量は、それぞれPicoGreen (DNA), RiboGreen (RNA)蛍光測定により行った。

各組織のFFPEサンプルから断片長が大きい高品質なRNAを抽出

FormaPure Totalはさまざまな組織のFFPEサンプルから、切断の少なく断片長が大きいRNAを抽出精製できます。各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出したRNAのフラグメントサイズを、FormaPure Totalと他社製品で比較したところ、FormaPure RNAのほうが200 nt以上の割合が大きく、断片化の少ない高品質なRNAが抽出されました(Figure 1)。

Figure 1. FormaPure RNAによる、分解の少ないRNAの抽出
4種類のFFPEがん組織から抽出したRNAの断片サイズを、Fragment Analyzer (Advanced Analytical)で解析しました。FormaPure RNAで抽出したRNAは青色、他社製品で抽出したRNAはオレンジ色。DV200の値は、200 ntを超えるRNA量のパーセンテージを示します。

次世代シーケンスに求められるDNA品質に適合

FormaPure Totalは、FFPEサンプルからのDNA回収時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。FormaPure Totalで回収したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント(変異)も安定して検出できました(Table 2)。FormaPure Totalは、次世代シーケンスのDNAサンプル調製に適していることが分かります。


Table 2. FormaPure Totalで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例

大量処理も可能な効率の良いプロセス

FormaPure Totalは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのDNAとRNAの抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の、約6.75時間で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細

実験ステップ

  • 1:  80℃で脱パラフィン
  • 2:  60℃で組織溶解/脱クロスリンク
  • 3:  遠心分離、RNA抽出用とDNA抽出用サンプルの分割
  • 4:  核酸を磁性ビーズに結合
  • 5:  エタノールで洗浄
  • 6:  DNase I 処理
  • 7:  RNAを磁性ビーズに結合
  • 8:  エタノールで洗浄
  • 9:  溶出
  • 10:  精製RNAの回収
  • 11:  60℃で追加の組織溶解
  • 12:  80℃で追加の脱クロスリンク
  • 13:  RNase A 処理
  • 14:  DNAを磁性ビーズに結合
  • 15:  Washで洗浄
  • 16:  エタノールで洗浄
  • 17:  溶出
  • 18:  精製DNAの回収

仕様

内容構成

  • Mineral Oil (MO)
  • Lysis (LBA)
  • Bind (BBA)
  • Wash (WBA)
  • Re-Bind (RBA)
  • RNase A
  • Proteinase K

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格(税別)
Agencourt FormaPure Total 50 Preps C16675 ¥85,000
96 Preps C16676 ¥134,000

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

関連情報