FFPEサンプルから高収量・高品質なRNAを抽出

FFPE(Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded:ホルマリン固定パラフィン包埋)組織からの高品質なRNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やRNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なRNAの抽出は困難ですが、FormaPure RNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なRNAを抽出・精製することが可能です。

FormaPure RNAはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層/水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

* DNA抽出用のForma Pure DNA、DNA/RNA抽出用のFormaPure Totalも用意しております。

Agencourt FormaPure RNA

特長

  • 10 μm FFPE切片3枚までのRNA抽出に対応
  • 次世代シーケンスに使用可能なRNA収量・精製度
  • キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

さまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからRNA抽出

FormaPure RNAはさまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからでも高収率でRNAを抽出精製できます。各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出したRNA量を測定しました(Table 1)。

Table 1. さまざまな保存年数およびがん組織由来のFFPEサンプル各10 μm 切片1枚あたりのRNA収量(ng)
RNA定量はRiboGreen蛍光測定により行った

各組織のFFPEサンプルから断片長が大きい高品質なRNAを抽出

FormaPure RNAはさまざまな組織のFFPEサンプルから、切断の少なく断片長が大きいRNAを抽出精製できます。各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出したRNAのフラグメントサイズを、FormaPure RNAと他社製品で比較したところ、FormaPure RNAのほうが200 nt以上の割合が大きく、断片化の少ない高品質なRNAが抽出されました(Figure 1)。

Figure 1. FormaPure RNAによる、分解の少ないRNAの抽出
4種類のFFPEがん組織から抽出したRNAの断片サイズを、Fragment Analyzer (Advanced Analytical)で解析しました。FormaPure RNAで抽出したRNAは青色、他社製品で抽出したRNAはオレンジ色。DV200の値は、200 ntを超えるRNA量のパーセンテージを示します。

大量処理も可能な効率の良いプロセス

FormaPure RNAは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのRNA抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の、約5.5時間で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細

実験ステップ

  • 1:  Mineral Oilを加え加熱し、パラフィンを溶解
  • 2:  Lysis、Proteinase Kを加え組織消化
  • 3:  Bindを加え、核酸をSPRI磁性ビーズに結合
  • 4:  エタノールで洗浄
  • 5:  DNase I 処理
  • 6:  Re-Bindを加え、RNAをSPRI磁性ビーズに再結合
  • 7:  エタノールで洗浄
  • 8:  溶出液を加える
  • 9:  精製RNAを回収

仕様

内容構成

  • Mineral Oil (MO)
  • Lysis (LBA)
  • Bind (BBA)
  • Re-Bind (RBA)
  • Proteinase K

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格(税別)
Agencourt FormaPure RNA 50 Preps C19157 ¥65,000
96 Preps C19158 ¥96,000

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

関連情報