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FFPEサンプルから高収量・高精製度でDNAを抽出

FFPE（Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded：ホルマリン固定パラフィン包埋）組織からの高品質なDNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNAの抽出は困難ですが、FormaPure DNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAを抽出・精製することが可能です。

FormaPureはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルにより油層／水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

Agencourt FormaPure DNA

特長

  • 10 μm FFPE切片3枚までのDNA 抽出に対応
  • 次世代シーケンスに使用可能なDNA収量・精製度
  • キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

さまざまな組織のFFPEサンプルからのDNA回収

FormaPure DNAはさまざまな組織のFFPEサンプルからでも高収率で核酸を抽出精製できます。各組織（Horizon標準組織、ヒト乳癌組織、ヒト大腸癌組織、ヒト肝臓癌組織、ヒト肺癌組織）のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定し、他社製品（A）と比較しても良好な収率を示しました（Figure 1）。

Figure 1. 各10 μm 切片あたりのDNA収量をFormaPure DNA（FP DNA）と競合製品（A）で比較
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた。DNA収量はQubitを用いた蛍光定量で行った（n=8）。

長期保管されたFFPEサンプルからも核酸を回収

FormaPure DNAは高い収量だけではなく、高い精製度でDNAを回収することが可能です。抽出されたDNAは、吸光度比は1.6～1.7（260/280nm）および1.3～2.0（260/230nm）で高い精製度であることが示されました（Table 1）。

Figure 2. 10 μm 切片からFormaPure DNAで抽出したDNAの260/280および260/230吸光度比
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた（n=8）。

次世代シーケンスに求められる品質にも適合

FormaPure DNAは、FFPEサンプルからのDNA回収時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。FormaPure DNAで回収したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント（変異）も安定して検出できました（Table 1）。FormaPure DNAは、次世代シーケンスのサンプル調製に適していることが分かります。


Table 1. FormaPure DNAで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例

大量処理も可能な効率の良いプロセス

FormaPure DNAは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek FXPを用いれば、96サンプルからのDNA抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン僅か15分の、約5.5時間で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細

実験ステップ

  • 1：  Mineral Oilを加え加熱し、パラフィンを溶解
  • 2：  Lysis Buffer、Proteinase Kを加え組織消化
  • 3：  加熱し脱クロスリンク
  • 4：  RNase A処理
  • 5：  Bind Bufferを加え、DNAをSPRI磁性ビーズに結合
  • 6：  エタノールで洗浄
  • 7：  Wash Bufferで洗浄
  • 8：  エタノールで洗浄
  • 9：  溶出

仕様

内容構成

  • Mineral Oil
  • Lysis Buffer
  • Bind Buffer
  • Wash Buffer
  • RNase A
  • Proteinase K

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格（税別）
Agencourt FormaPure DNA 50 Preps B89230 ¥40,000
96 Preps B89231 ¥67,200
384 Preps B89232 ¥230,400

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

製品名 製品番号 価格（税別）
SPRIstand 6 Position Tube Magnet (1.5/2mLチューブ用) A29182 ¥30,000
SPRIPlate 96R Ring Super Magnet Plate (96ウエルプレート用) A32782 ¥112,000

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