FFPE(Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded:ホルマリン固定パラフィン包埋)組織からの高品質なDNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNAの抽出は困難ですが、FormaPure DNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAを抽出・精製することが可能です。
FormaPure DNAはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層/水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。
FormaPure DNAはさまざまな組織のFFPEサンプルからでも高収率で核酸を抽出精製できます。各組織(Horizon標準組織、ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定し、他社製品(A)と比較しても良好な収率を示しました(Figure 1)。
FormaPure DNAは高い収量だけではなく、高い精製度でDNAを回収することが可能です。抽出されたDNAは、吸光度比は1.6~1.7(260/280nm)および1.3~2.0(260/230nm)で高い精製度であることが示されました(Table 1)。
FormaPure DNAは、FFPEサンプルからのDNA抽出時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。FormaPure DNAで抽出したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント(変異)も安定して検出できました(Table 1)。FormaPure DNAは、次世代シーケンスのサンプル調製に適していることが分かります。
FormaPure DNAは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek FXPを用いれば、96サンプルからのDNA抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の、約5.75時間で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細
製品名 | サイズ | 製品番号 | 価格(税別) |
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Agencourt FormaPure DNA | 50 Preps | B89230 | ¥40,000 |
96 Preps | B89231 | ¥67,200 | |
384 Preps | B89232 | ¥230,400 |
使用時に必要です。
製品名 | 製品番号 | 価格(税別) |
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SPRIstand 6 Position Tube Magnet (1.5/2mLチューブ用) | A29182 | ¥30,000 |
SPRIPlate 96R Ring Super Magnet Plate (96ウエルプレート用) | A32782 | ¥112,000 |