FFPEサンプルからDNA・RNA同時抽出

Agencourt FormaPureはホルマリン固定パラフィン包埋(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded: FFPE)組織から核酸(ゲノムDNAおよびRNA)の抽出キットです。キットに含まれるSPRI磁性ビーズは均一で微小なために核酸との結合面積が大きく、高収量の核酸を得ることができます。また、均一で微小なSPRI磁性ビーズは、既存のカラム法に比べて核酸との結合表面が洗浄バッファーに露出する確立が高いため、高純度の全核酸を精製することができます。さらに、SPRI磁性ビーズの大きさと形状が均一であるため、再現性の高い結果を産生します。また、人体や環境に有害なキシレンやフェノールなどの有機溶剤の使用を必要としません。真空ろ過や遠心も必要無く、自動化にも適しています。

Agencourt FormaPure

特長

  • ゲノムDNAおよびRNAを高収量で抽出精製
  • 得られるDNAおよびRNAは高精製率
  • 高い再現性
  • 一つの実験操作でゲノムDNAおよびRNAを同時に抽出可能
  • RNAのみの精製にも対応
  • キシレンやフェノールなどの有機溶剤の不使用
  • 自動化にも最適

高収量

FormaPureはFFPEサンプルから高収率で核酸を抽出精製できます。ラット肝臓のFFPEサンプルから抽出したDNA量を他社、磁気ビーズ法による抽出と比較して、高い収率を示しました(Figure 1)。

Figure 1. 各社抽出キットによるFFPEサンプルからのDNA収量の比較
ラット肝臓の5μm FFPEサンプル約1 cm2からFormaPure及び他社FFPE抽出キットを使用てして、抽出した核酸の収量。収量は吸光度計を用いてA260から算出した。

さまざまな組織のFFPEサンプルからの核酸回収

FormaPureはさまざまな組織のFFPEサンプルからでも高収率で核酸を抽出精製できます。各組織(ヒト乳癌組織、ヒト大腸癌組織、ヒト肝臓癌組織、ヒト肺癌組織)のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定し、いずれも良好な収率を示しました(Figure 2)。

Figure 2. 各組織のFFPEサンプルからの核酸収量
ヒト乳がん組織(Breast)、ヒト大腸がん組織(Colon)、ヒト肝臓がん組織(Liver)、ヒト肺がん組織(Lung)の5μm FFPEサンプル約1 cm2からFormaPureを使用てして、抽出した核酸の収量。収量は吸光度計を用いてA260から算出した。

長期保管されたFFPEサンプルからも核酸回収

ホルムアルデヒドによる固定は、核酸および蛋白質などの組織成分間のランダムなクロスリンクを引き起こします。FFPEサンプル中のDNAの品質は、FFPE作製時の手技、サンプルの保管期間、保管状況などのは様々な要因に影響を受けます。FormaPureでは、様々な組織の、保存年数が長期にわたるFFPEサンプルから抽出された核酸を鋳型としたPCRでも良好な結果が得られました(Figure 3)。

Figure 3. FormaPureを用いて各種組織から作製した経年FFPEサンプルから抽出した核酸のPCR結果
6ヶ月間保存のヒト肝がん組織、1年間保存のヒト結腸ガン組織、および2年間保存のヒト肺組織(それぞれ5片の切片を使用)からFormaPureを用いて抽出したDNAおよびRNAをテンプレートとして、GAPDHの300bpのアンプリコンをPCR反応で増幅し、2%のアガロースゲル電気泳動で確認した。各々Lane1-8はサンプル、Lane 9はネガティブコントロール、Lane10はマーカーを示す。

RNAのみの回収も可能

FormaPureはRNAのみの回収にも対応しており、高い収率と精製度でRNAを回収することが可能です。抽出されたRNAは、吸光度比は1.79~1.83(260/280nm)および1.06~1.21(260/230nm)で高い精製度であることが示されました(Table 1)。Agilent Bioanalyzerによる評価結果(Figure 4)でも、高精製度のRNAが高い再現性で抽出精製されていることが分かります。

Table 1. ラット肺FFPE切片からFormaPureを用いて抽出精製したRNAのデータ。
ラット肺FFPE10μm切片を1片用い、FormaPureのDNA FreeプロトコールによりRNAを抽出した結果(n=5)

Sample Replicates A260/A280 A260/A230 RNA濃度 (ng/μL) 溶出量 (μL) 収量 (μg)
1 1.79 1.21 289 35 10.1
2 1.83 1.14 440 35 15.4
3 1.79 1.07 539 35 18.9
4 1.80 1.10 630 35 22.0
5 1.80 1.06 513 35 18.0

Figure 4. 上表(Table 1)で得られた5つのRNAを、Agilent Bioanalyzerにて解析した。

大量処理も可能な効率の良いプロセス

FormaPureは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek FXPを用いれば、96サンプルからのRNA抽出(DNA Freeプロトコール)を、約3時間で処理可能です。(脱クロスリンク時間は含みません。)
Biomekによる自動化の詳細

実験ステップ

DNA・RNA同時抽出プロトコール

  • AおよびB: サンプルにLysis Buffer及びProteinase Kを加え、組織溶解及び脱クロスリンク
  • 1:  Bind 1 Bufferを加えさらに溶解
  • 2:  Bind 2 Bufferを加えさらに溶解
  • 3:  SPRI磁性ビーズを磁気で分離し、夾雑物を除く。続いてWash Bufferで洗浄
  • 4:  エタノールで洗浄
  • 5:  イソプロパノールで洗浄
  • 6:  エタノールで洗浄
  • 7:  溶出

RNAのみ抽出(DNA Free)プロトコール

  • AおよびB: サンプルにLysis Buffer及びProteinase Kを加え、組織溶解及び脱クロスリンク
  • 1:  Bind 1 Bufferを加えさらに溶解
  • 2:  Bind 2 Bufferを加えさらに溶解
  • 3:  SPRI磁性ビーズを磁気で分離し、夾雑物を除く。続いてエタノールで洗浄
  • 4:  DNase I を加え、DNase処理
  • 5:  Wash Bufferを加え、洗浄
  • 6:  エタノールで洗浄
  • 7:  イソプロパノールで洗浄
  • 8:  エタノールで洗浄
  • 9:  溶出

仕様

内容構成

  • Lysis Buffer
  • Bind I Buffer
  • Bind II Buffer
  • Wash Buffer
  • Proteinase K
  • Proteinase K Buffer

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格(税別)
Agencourt FormaPure 50 Preps A33341 ¥44,000
96 Preps A33342 ¥65,000
384 Preps A33343 ¥180,000

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

関連情報