高精製サンプルによるシーケンスコストの低減

Agencourt CleanSEQは、ダイターミネータサイクルシーケンス反応後のダイを除去するシーケンス反応クリンアップ用の試薬キットです。均一で微小なSPRI磁性ビーズの採用により、安定した結果が得られるため、高品質なデータを持続的に要求するゲノムセンターにも採用され続けています。また、マニュアル法だけでなく、Biomekを用いた自動化によるハイスループット処理に最適で、実際に、公的ヒトゲノムプロジェクトの実に3分の1のデータは、このSPRI技術により調製されたサンプルによるものです。

Agencourt CleanSEQ

特長

  • 遠心やろ過の必要は一切無く、自動化に最適
  • Biomek FX/NXの使用で、4プレートをわずか20分余りで処理
  • 磁性ビーズで効率的に未反応のダイを除去
  • 高いシーケンス成功率
  • 長いシーケンスリード
  • 強いシーケンス蛍光シグナル
  • 96および384ウエルフォーマットに対応
  • ABI PRISM. 3730、3700、3130、3100シリーズおよび弊社GenomeLab GeXP、CEQ8000シリーズに対応.*
  • BigDye Terminatorおよび弊社DTCSクイックスタートキットによる反応後の精製に使用できます*

長いシーケンスリードと再現性

CleanSEQとシリカ磁性ビーズ法、ゲルろ過、およびエタノール沈殿により、ダイターミネータサイクルシーケンス後の精製を行い、同一条件下で行ったシーケンスの結果を比較しました(Figure 1.および2.)。その結果、CleanSEQの、1) より長いシーケンスリードと、2) より高い再現性、を確認しました(PhredはDNAシーケンスのベースコールソフトウエアで、シーケンス結果の精度を評価します。P20もしくはPhred20は、99.0 %の確立となる精度を示します)。

Figure 1. 各種方法で精製後のDNAシーケンスの結果を比較した。
Figure 2. CleanSEQと他の精製法で、96サンプルのうちPhred20(99.0 %の精度)で700ベース以上解析できたサンプル数。

ダイブロッブの抑制

DNAシーケンスプロファイルの始めに見られるダイターミネータ・ダイブロッブ(Figure 3A. の30ベース以前に見られる複数の大きなピーク)は、シーケンスのベースコーリングに悪影響を与えます。CleanSEQは高い精製能によってダイブロッブを抑えるため、プライマー直後から配列が読みやすくなります(Figure 3B.)。

Figure 3A. ゲルろ過プレートによる精製。ダイブロッブがベースコールに悪影響を与える。
Figure 3B. CleanSEQによる精製。プライマー直後から配列が読みやすい。

ダイターミネータの希釈

CleanSEQは高い精製度により高品質のシーケンス結果が得られるだけでなく、高い回収率により得られるシグナル強度がより高く、より高いS/N比を保持するため、低濃度のダイターミネータでも長いシーケンスリードと、高い成功率を保持します(Figure 4.およびTable 1.)。このため、ダイターミネータの希釈使用が可能で、シーケンシングのトータルコストの削減にも寄与します。

Figure 4. ダイターミネータを1/8、1/16倍に希釈後、CleanSEQおよびゲルろ過法で精製し、DNAシーケンスを行った結果。A、G、C、Tそれぞれの蛍光強度を示した。
  CleanSEQ ゲルろ過
Phred20 でのシーケンス長 651 586
成功率 97% 87%

Table 1. ダイターミネータ1/16倍希釈時の、CleanSEQとゲルろ過法による精製後の、DNAシーケンス結果の比較。

大量処理も可能な効率の良いプロセス

CleanSEQは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek FXPを用いれば、576サンプルからの精製を、約40分で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細

実験ステップ

  • a. ダイターミネータサイクルシーケンス反応液にエタノールとCleanSEQを加え、SPRI磁性ビーズに反応産物を結合させる。
  • b. SPRI磁性ビーズを磁気で分離し、夾雑物を除く。
  • c. エタノールおよびイソプロパノールにより十分洗浄する。
  • d. および e. SPRI磁性ビーズに結合した核酸を溶出する。

導入事例

仕様

内容構成

  • CleanSEQ Reagent

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格(税別)
Agencourt CleanSEQ 8 mL
(96ウエル用-800サンプル分, 384ウエル用-1600サンプル分)
A29151 ¥70,000
50 mL
(96ウエル用-5000サンプル分, 384ウエル用-10000サンプル分)
A29154 ¥350,000
500 mL
(96ウエル用-50000サンプル分, 384ウエル用-100000サンプル分)
A29161 ¥3,000,000

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

ABI PRISMおよびBigDyeは、Applera Corporationの登録商標です。
ABI PRISM3730、3700、3130、3100はApplied Biosystems社の製品です。

関連情報