リキッドバイオプシー(血漿、血清、尿)サンプルからのcfDNA抽出
Apostle MiniMax High Efficiency cfDNA Isolation Kit

Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA Isolation Kitは、磁性ビーズによるリキッドパイオプシー(血漿、血清、尿)からのcfDNA(セルフリーDNA)抽出キットです。さまざまな採血管で保存された、最大5 mLのサンプルからcfDNA抽出を行うことができ、抽出の自動化をすることもできます。精製cfDNAは、PCRなどのアプリケーションで使用できることが実証されています。

※ 全血からのDNAの抽出には、GenFind V3をご使用下さい。

Agencourt GenFind V3

特長

  • 高収率:さまざまなタイプの採血管から高収量でcfDNA抽出
  • 高再現性:他社製品より高いcfDNA収量を安定したデータで提供
  • 高精製度:高い回収率を維持しつつPCR阻害物質を除去精製
  • 大容量対応:最大5 mLサンプルからのcfDNA抽出に対応
  • 簡便な実験:磁性ビーズによるcfDNA抽出ワークフロー
  • 自動化:抽出自動化に適した磁性ビーズ式

高収率:さまざまなタイプの採血管から高収量でcfDNA抽出

Figure 1. 各社抽出キットによる各採血管に保存された血漿からのcfDNA収量およびサイズの比較  
(左)Apostle MiniMax™、他社カラム式製品(Kit A)および他社ビーズ式製品(Kit B)を使用して、cfDNA用採血管(cfDNA tube 1, 2)およびEDTA採血管(EDTA collection tube)で保存された血漿1 mLからcfDNA抽出を行いました。cfDNA定量は、Quant-iT PicoGreen dsDNA assay kit (Thermo Fisher Scientific) を使用しました。各実験は3回実施しました。全ての採血管保存の血漿からのcfDNA抽出で、Apostle MiniMax™は他社製品よりも高い収量が得られました。
(右)Apostle MiniMax™で抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました。3種類全ての採血管で、cfDNAの予想サイズである約170 bpにピークが見られ、cfDNAの抽出が確認できました。

高再現性:他社製品より高いcfDNA収量を安定したデータで提供

Figure 2. 各社抽出キットによる血漿からのcfDNA抽出再現性の比較
Apostle MiniMaxと他社製品(Kit A)を使用して、cfDNA用採血管に保存された1 mLの血漿からcfDNAを抽出しました。Apostle MiniMax™と他社製品で、それぞれ2回の実験を行いました。抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました(35bp, 10380 bpは内部マーカー)。Apostle MiniMax™での2回の抽出ではほぼ同じトレースを示しましたが、他社製品では異なるトレースを示していました。Apostle MiniMax™は、再現性の高いcfDNA抽出ができることがわかります。

Figure 3. 各社抽出キットにより血漿および尿から抽出したcfDNAピークの比較
Apostle MiniMax(赤線)と他社カラム式製品(青線)を使用して、5 mLの血漿(A)および20 mLの尿(B)からcfDNAを抽出しました。抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました(35bp, 10380 bpは内部マーカー)。Apostle MiniMaxは他社製品より高いcfDNAピーク(170 bp, 350 bpなど)が見られ、より高収量であることが示されました。

高精製度:高い回収率を維持しつつPCR阻害物質を除去精製

 

Figure 4.(左)合成DNAを各濃度でspike-inしたサンプルから抽出したDNAのqPCR定量と回収率
(左上)EGFR C2573T> G L858R変異を含む170 bpの合成DNA 20 µLを、TE緩衝液 1 mLおよび血清 1 mLに0.001~1 ng/µLの濃度範囲で添加(spike-in)し、Apostle MiniMax™でこれらのサンプルからDNAを抽出しました。元の合成DNA(黒; コントロール)、TE緩衝液(青)または血清(赤)で希釈した合成DNA断片から抽出したDNAそれぞれを鋳型としてqPCRを行った結果、各希釈濃度で3種類の曲線はほぼ重なり合いました。
(左下)コントロールから鋳型DNA濃度を計算した結果、Apostle MiniMax™による抽出のDNA回収率は90%以上と非常に高いことがわかりました(下)。

Figure 5.(右)各社抽出キットによる各採血管保存サンプルから抽出したcfDNAを鋳型としたqPCR増幅の比較
Apostle MiniMax(赤)と他社カラム式製品(Kit A; 灰)を使用して、cfDNA用採血管(cfDNA tube 1, 2)およびEDTA採血管(EDTA collection tube)で保存されたサンプルから抽出を行い、そのcfDNAを鋳型としてqPCRを行いました。3種類すべての採血管で、Apostle MiniMax™のほうが他社製品よりCt値が小さく、良好な増幅を示しました。

大容量対応:最大5 mLサンプルからのcfDNA抽出に対応

Figure 6. Apostle MiniMax™によるEDTA採血管保存血漿1, 3, 5 mLからのcfDNA抽出収量
Apostle MiniMax™を使用して、EDTA採血管で保存された血漿1, 3, 5 mLから抽出を行い、Quant-iT PicoGreen dsDNA assay kit (Thermo Fisher Scientific) でcfDNAを定量しました。各実験は3回実施しました。抽出に使用する血漿容量が多いほど、高いcfDNA収量となりました。

簡便な実験:磁性ビーズによるcfDNA抽出ワークフロー

Figure 7. Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA Isolation KitのcfDNA抽出ワークフロー
1. Sample Lysis BufferとProteinase Kでサンプルを溶解
2. 磁性ビーズ(Magnetic NanoparticlesとcfDNA Lysis/Binding Solution)にcfDNAを結合
3. Magnetic Nanoparticlesを磁石に結合させ上清を除去
4. cfDNA Wash Solutionで磁性ビーズを洗浄
5. cfDNA 2nd Wash Solutionで磁性ビーズを洗浄
6. cfDNA Elution Solutionで磁性ビーズから精製cfDNAを溶出
7. 精製cfDNAを回収

自動化:抽出自動化に適した磁性ビーズ式

Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA Isolation Kitは、ハイスループット自動抽出に適した磁性ビーズ式のキットです。自動分注機Biomek i-Seriesでの自動化については、お気軽にご相談ください。

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マグネットアクセサリ

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製品名 製品番号 価格(税別)
SPRIstand 6 Position Tube Magnet (1.5/2mLチューブ用) A29182 ¥30,000

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