高収率・高精製度での安定した精製

PCR産物の精製法として、ゲノムセンターや数々のリシーケンスプロジェクトで採用されてきたDNA精製試薬キットAgencourt AMPure XP。AMPure XPは96ウェルフォーマットおよび384ウェルフォーマットに対応し、マニュアル法のみならず、Biomekによる自動化に最適な試薬です。また、AMPure XPはサンプル数に応じて精製を行うため、プレートのすべてのウェルを使用しなくても精製できます。このため、プレートの部分的な使用も可能で、サンプルがそろうまで精製を待つこともなく、サンプル数に応じた試薬量のみを消費するために経済的です。

> サイズセレクションにはサイズセレクション用キットSPRIselectをご使用ください

> RNAの精製にはRNA精製キットRNAClean XPをご使用ください

Agencourt AMPure XP

特長

  • フリーのdNTPやPCRプライマー、プライマーダイマー、塩を効率的に除去
  • 100塩基以上のDNA断片を高回収
  • 二本鎖および一本鎖どちらのDNA断片にも対応
  • 精製したDNAの安定性が高い
  • マニュアル法に加え、遠心やろ過が必要ないため、Biomekによる自動化にも最適
  • 精製後のDNAは、シーケンスやジェノタイピング、クローニングなどに使用可能

高精製度

精度の高いDNAシーケンシングやSNPジェノタイピングを行うためには、シグナル:ノイズ比を低くする要因となる、残存するdNTPや塩、プライマーやプライマーダイマーなどの夾雑物をPCR反応産物から効率良く取り除く必要があります。また、残留塩は酵素反応の阻害要因ともなります。当社比較(Figure 1)の通り、AMPure XPで得られるDNAは他社キットに比べて高純度です。

Figure 1A. 各社DNA精製キットによるPCR産物精製物の泳動結果。 400bpのDNAが得られるように調製されたPCR産物を、AMPure XP及び他社DNA精製キットで精製し、1.2%アガロースゲル電気泳動を行った。Lane1,2 AMPure XP, Lane 3,4 B社シリカカラム式精製キット, Lane 5,6 C社シリカカラム式精製キット, Lane 7,8 D社酵素法精製キット, Lane M 25bp サイズマーカー
Figure 1B. 各社DNA精製キットによるPCR産物精製の精製度の比較。 200bp、800bp、10kbpのサイズが得られるように調製されたPCR産物を、AMPure XP及び他社DNA精製キットを使用して精製を行った。

精製後のDNAの安定性

AMPure XPは効率的に夾雑物を取り除くため、精製したDNAは安定的です(Figure 2)。精製後7日目におこなった電気泳動の結果、AMPure XPで精製したPCR反応産物は安定であることを確認しました。

Figure 2. 精製したPCR反応産物を(A)精製後すぐに、または(B)4℃で7日間保存した後に電気泳動した。レーン5から8では、7日後にDNAの分解が見られる。レーン1および2:AMPure XP、3および4:Q社カラム法、5および6:E社カラム法、7および8:G社酵素法

高回収

AMPure XPは100ベース以上のDNA断片を高回収します。また、他の精製法に比べて短いサイズから長いサイズの断片まで高回収できるとともに、高い再現性も有します(Figure 3A.)。さらに、一本鎖のDNA断片にも二本鎖のDNA断片にも対応します(Figure 3B)。

Figure 3A. 各社DNA精製キットによるPCR産物精製の収量の比較。200bp、800bp、10kbpのサイズが得られるように調製されたPCR産物を、AMPure XP及び他社DNA精製キットを使用して精製を行った。
Figure 3B . 200、800、10000ベースの二本鎖DNAおよび一本鎖DNAをAMPure XPで精製後、回収したDNA濃度を吸光度の測定により算出した。

処理時間

AMPure XPには、これまで以上に磁力に対するレスポンスを高めたSPRI磁性ビーズを使用しました。このため、AMPureに比べて操作時間の短縮が可能となりました(Table 1.)。AMPure XPは他法に比較して処理速度が速いため、短時間のうちにDNA精製を行うことが可能です(Figure 4.)。

改善された工程 AMPure AMPure XP
DNAと磁性ビーズの結合後の静置 5分 2分
風乾 10分 0分
溶出前の磁気プレート上での静置 5分 1分
合計 20分 3分

Table 1. 96ウェルプレートを用いた精製処理工程のうち、処理速度が改善された各工程の処理時間について当社既存製品AMPureと比較したもの。

Figure 4. 96サンプルのPCR反応産物を精製した場合の所要時間を比較した。

大量処理も可能な効率の良いプロセス

AMPure XPは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。ベックマン・コールターの自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek FXPを用いれば、576サンプルの精製を、わずか1時間で処理可能です。
Biomekによる自動化の詳細
またBiomekを用いて、次世代シーケンサーの前処理も自動化可能です。
Biomekによる次世代シーケンサー前処理の自動化の詳細

実験ステップ

  • 1. および 2. PCR反応液にAMPure XPを加え、SPRI磁性ビーズにPCR反応産物を結合させる。
  • 3. SPRI磁性ビーズをマグネットプレートで分離し、夾雑物を除く。
  • 4. エタノールで洗浄する。
  • 5. および 6. SPRI磁性ビーズに結合した核酸を溶出する。

仕様

内容構成

  •   AMPure XP Reagent

マニュアル・SDSなど

アプリケーションノート

Order Information

製品名 サイズ 製品番号 価格(税別)
Agencourt AMPure XP 5 mL
(20μL系-139サンプル分, 10μL系-278サンプル分)
A63880 ¥29,000
60 mL
(20μL系-1666サンプル分, 10μL系-3333サンプル分)
A63881 ¥110,000
450 mL
(20μL系-12500サンプル分, 10μL系-25000サンプル分)
A63882 ¥540,000

マグネットアクセサリ

使用時に必要です。

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