クラウドプラットフォーム サイトメトリー解析ソフトウェア
Cytobank サイトバンク

クラウドでのデータ管理と
シングルセルデータのマシンラーニング解析&可視化

近年サイトメーターは、1 細胞当たり30を超えるパラメータ、1 サンプル当たり数百万個の細胞を解析できるようになりました。このため、すべての細胞の情報をもれなく解析するというシングルセル解析のコンセプトに基づいて構築されたソフトウエアを用いて、詳細で情報ロスのない解析を行う重要度が増しています。
Cytobankを用いることでこのような解析を実現することができます。

クラウドプラットフォーム サイトメトリー解析ソフトウェア Cytobank

特長

マシンラーニングを用いた解析

ハイパラメータデータのマニュアルゲーティング解析は、知見に基づいたストラテジーの展開には有用である一方、知見のない未知のものの同定は困難です。viSNE、SPADE、FlowSOMは「教師なし」学習のマシンラーニングであるため、これまで同定されていなかったフェノタイプを発見する可能性を引き出します。

Cytobankのクラスタリング、次元圧縮、可視化ツールは、拡張可能なクラウド上のプラットフォームとして提供されます。お持ちのコンピュータ端末に負担をかけずに、高速に膨大なデータの解析をすることができます。作業はすべて自動的に保存されるため、作業過程や結果が失われたり中断されたりする心配はありません。実装アルゴリズムとAPI 機能を搭載しているため、パイプライン構築とインフォマティクスワークフローの統合が容易になります。

ViSNE(ビズニー)

次元圧縮による2次元ビジュアライズ
ハイパラメータデータを、次元圧縮アルゴリズムを用いて2次元マップ表示することによって、目的の細胞集団や希少な細胞集団の同定が可能となります。
viSNE はCytobankではデータ探索のファーストステップに用いられることが多く、その後FlowSOMなどのクラスタリングアルゴリズムとも組み合わせて用いられます1

FlowSOM(フローサム)

クラスタリングとそのグループ化メタクラスタリング
ハイパラメータのデータセットをSelf Organizing Mapアルゴリズムによってフェノタイプの類似する細胞をクラスターにまとめ、それをツリー状に表示します。
処理時間が短いだけでなく、直感的な分布構成の理解に役立ちます2

SPADE(スペード)

クラスタリング解析と発現比較
SPADE(Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events)は、類似する細胞集団を自動的にクラスタリングし、共通する細胞集団のクラスターをバブルとしてグループ化します。さらにサンプル間のfoldchangeを表示することもできます3

CITRUS(シトラス)

クラスタリングにもとづく統計的群間比較
シングルセルデータを自動的にサブセットにした後に、各サンプルのグループ(群)情報をもとに統計的に有意な違いを同定します。CITRUSは、バイオマーカー探索における統計的予測をパワフルに実現します4

参考文献:

  1. Amir ED, Davis KL, Tadmor MD, et al. viSNE enables visualization of high dimensional single-cell data and reveals phenotypic heterogeneity of leukemia. Nature Biotechnology. 2013;31 (6):545-552. doi:10.1038/nbt.2594
  2. Van Gassen S, Callebaut B, Van Helden MJ, et al. FlowSOM: Using self-organizing maps for visualization and interpretation of cytometry data: FlowSOM. Cytometry. 2015;87(7):636-645. doi:10.1002/cyto.a.22625
  3. Qiu P, Simonds EF, Bendall SC, et al. Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. Nature Biotechnology. 2011;29(10):886-891. doi:10.1038/nbt.1991
  4. Bruggner RV, Bodenmiller B, Dill DL, Tibshirani RJ, Nolan GP. Automated identifi cation of stratifying signatures in cellular subpopulations. Proc Natl Acad Sci USA. 2014;111 (26):E2770-E2777. doi:10.1073/pnas.1408792111

クラウド上での解析&簡単データシェア

Cytobankが提供するクラウドプラットフォームなら、インターネットにつながっていれば、いつでもどこでもどの端末でも(もちろんスマートフォンでも)、膨大で複雑なデータセットを共有し、国内外の共同研究者とともに解析に取り組むことが可能です。

保存、解析、共有のいずれの目的であっても、データをCytobankへアップロードすることは、信頼性の高い場所でバックアップをとることができる優れた管理方法のひとつです。さらに、Cytobankプラットフォームにはサイトメトリー実験のデータや解析を保存するだけでなく、実験プロトコルやプレゼンテーション、顕微鏡画像などの実験に関連するファイルもまとめてバックアップ・管理することができます。

Cytobankのプラン

Premium Cytobank

大学の個人ユーザーに最適

  • FlowSOM、SPADE、viSNE、CITRUSなど最先端の解析ツール
  • サンバーストなど複雑なポピュレーションヒエラルキーの最新データ表現
  • プレートベースのアノテーション機能や用量反応解析
  • カスタムワークフローを支援するAPI
  • FCSファイル以外の高次元データのアップロードを可能とするDROP機能

Enterprise Cytobank

クラスタリングとそのグループ化メタクラスタリング

  • Premiumの機能すべて
  • すべてのユーザーとそのデータを管理するための管理者権限とシングルサインオン(SSO)オプション
  • 独立した専用サーバーの構築
  • DROP機能はPremiumよりも多くのパラメータに対応
  • トレーニングおよびインストレーションサポート

30日間のフリートライアル

Premium Cytobank のフル機能をいますぐ
オンラインで30日間お試しいただけます。

※ご登録時「Location:Japan」としてください。
ご登録完了後日本語サポートの対象となり、日本語マニュアル等をご案内します。

サポートをご活用ください!

Cytobankを始めるときや新しいデータ解析に挑むときにお役に立つサポート資料やオンラインチュートリアルをまとめてご用意しています。

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